烷烃可以观察到M+，但其强度随碳链的增长而减弱，直链烷烃出现典型的质量数相差14 的特征离子。从整体上看全部CnH+2n+1 碎片离子的连线像一座平滑的小山丘。

容易发生烯丙基断裂，分子离子峰丰度要比相应的烷烃强。

 产生一系列27，41，55，69，…CnH2n-1峰，烯烃的基峰往往是双键β位置C-C键断裂产生的碎片离子，裂解过程可能发生双键位移，麦氏重排。

分子离子峰强，易发生Cα-Cβ键的裂解，生成的苄基m/z91是基峰。正构烷基取代链越长，m/z91丰度越大。 

若基峰比91大14n，表明苯环α碳上另有烷基取代。 

会出现39，51，65，77，91，105，119，…等一系列峰。 

侧链含γ-H的会产生重排离子峰，m/z=92    

醇的分子离子峰往往观察不到，M-H有时可以观察到

饱和醇羟基的Cα－Cβ键易发生断裂，产生（31+14n）特征系列离子峰，伯醇的m/z31、仲醇的m/z45、叔醇的m/z59较强，这对醇的鉴定非常重要。醇的分子离子峰易脱水形成M-18的碎片离子峰。

开链伯醇还可能发生麦氏重排，同时脱水和脱烯（M-18-28）。

酚的分子离子峰较强，出现(M-28)（-CO），(M-29)（-CHO）峰。

脂肪醚类的分子离子峰虽然弱，但可以观察到，易发生α裂解，形成含氧碎片离子m/z31、45、59、73等（CnH2n+1O）

烷基芳基醚分子离子峰强，芳醚的EI-MS明显具有芳香化合物的特征离子m/z39、51、65、77等

长链烷基芳醚易发生麦氏重排失去烯烃

硫醚有失去CS、CHS和SH的碎片离子，另外，含硫化合物要注意M+2，及34S（4.22%）的同位素峰。

脂肪胺类的分子离子峰弱。含奇数氮的胺的分子离子峰质量数为奇数，有时出现[M-1]+峰。

胺类断裂规律与醇类相似，易发生α断裂，生成的碎片离子往往是基峰。当有几个α位开裂时，依然优先失去最大烷基，特征碎片离子m/z30、44、58、62等。

芳胺的分子离子峰比脂肪胺要强，一般是基峰。

卤代烷的分子离子峰都很弱，由同位素离子的丰度特征可以判断氯和溴原子的存在和个数。

裂解主要是α断裂、β断裂和消除反应

芳香卤代物的分子离子峰很强，含氯和溴的化合物具有特征同位素峰。

 羰基氧原子上的谷堆电子易被轰去一个，所以醛酮的分子离子峰都比较明显。主要的断裂方式是α断裂和麦氏重排。